。清廷一方面敦促曾国藩尽快处理,一方面开始调兵在京畿和海口布防,以防万一。六月初十,曾国藩到达天津处理教案。六月十四日,内阁大学士宋晋奏道:“和局固宜保全,民心未可消失,欲惩擅杀之罪,必究起衅之根,请饬曾国藩速行查明曲直,秉公办理,以释民疑;以长江水师紧要,请饬整顿。”慈禧太后深以为然,也想趁机将长江水师从湘军将领手中夺过来,急命马新贻以布防的名义整理长江水师,力除废弛。长江水师历来是黄翼升的立身之本,他当然不肯轻易交给对头马新贻来整饬,二人矛盾开始表面化。